Село существует более 200 лет. Вплоть до конца XVII века коренным населением этих краёв были кочевники-киргизы. В конце XVII века сюда приехали выходцы из Маршанского уезда Тамбовской губернии. Первой заселилась семья Богдановых, от фамилии которых и пошло название села.
В конце XIX века в 5 км от Богдановки возник посёлок Озёрный (в народе его называли Братки). Сюда приехали жить «толстовцы» — люди, которые взяли на веру идею братства Льва Николаевича Толстого и объединились, чтобы жить и работать одной дружной семьёй.
В июле 1907 года вспыхнул пожар, который уничтожил 180 домов. 2/5 населения остались без крова.
До 1923 года все богдановцы были единоличными. В 1923 году было образовано несколько кооперативов по совместной обработке земли «Прогресс», «Трудовик», «Пчёлка» и «Всемирное братство». На базе этих кооперативов в 1929 году был организован колхоз «Имени Яковлева».
Один из известных уроженцев села — Панчиков Василий Иванович (1925–1944) — советский военнослужащий, младший сержант, Герой Советского Союза.